Primero como ya te han dicho para hacer el downgrade necesitas tener guardados los shsh ya sea en tu pc o cydia; luego debes usar el tinyumbrella y el itunes; luego lo del app store me parece muy extrano que haya desaparecido, mejor buscalo bien o asegurate que no este escondido (hidden con el sbsettings, en caso de que tengas jailbroken tu idevice), que yo sepa el iOS 4.1 no tiene nada que bloquee tu disposivo, claro esta que el iOS sin ninguna modificacion no te deja instalar apps crakeadas por lo que solo podras instalar apps de appstore; tambien debes saber que si restauras tu idevice de una manera inadecuada o instalas alguna app que te corrompa algun archivo interno del firmware puede hacer un brick a tu idevice y ya no podras usarlo (por lo general solo aparece la manzana gris y de ahi no pasa) para arreglar eso solo debes restaurar de nuevo tu idevice con itunes y claro reinstalar el jailbreak