Los dos son exactamente lo mismo. Se basan en los mismos archivos de exploit para el kernel por Userland. Es mas, fué el equipo de Absinthe quién creo el exploit y después Redsn0w lo ha incluido en su aplicación. Eso de que se te salga de las aplicaciones puede ser por 3 motivos. 1, reinicia el iDevice y funcionará. 2, sincroniza el teléfono con iTunes y volverá a funcionar todo. 3, has hecho mal el jailbreak, tienes que restaurar y volver a probar.

Da igual el que escojas, eso sí. Absinthe fué el creador, así que en teoría "debería" funcionar mejor que RedSn0w, pero al fin y al cabo, son los mismos exploits.